北宋初年，福建東海一帶經(jīng)常鬧海災(zāi)，漁民傷亡慘重。此事經(jīng)赤腳大仙奏明玉帝，申請(qǐng)加封一位海神，統(tǒng)管海上救生諸事宜。在王母娘娘的支持下，赤腳大仙于莆田湄洲島發(fā)現(xiàn)了俠義、善良有德行的林愿，并請(qǐng)觀音菩薩賜林妻懷孕，十四個(gè)月后產(chǎn)下一女孩，取名默娘。此女出生后聰明無(wú)比，更揣善良濟(jì)世之心。菩薩和大仙甚喜，相約暗地收她為徒，逐漸教她醫(yī)術(shù)、預(yù)測(cè)、觀天象等法力，以便將來(lái)能承擔(dān)海神之重任。

　　默娘長(zhǎng)大成人，她身具靈異，能觀天象，預(yù)知陰晴，屢次幫助漁民避免了海災(zāi)的傷害，因此，極受村民們信任、推崇。默娘在菩薩和大仙的幫助下，有了預(yù)見(jiàn)海上災(zāi)難的能力，并可在昏睡狀態(tài)下靈魂出竅，飛躍救人。

　　海面上的諸多災(zāi)難均與東海龍宮二王子睚眥有關(guān)。睚眥是個(gè)窮兇極惡的家伙，他偷煉乾坤大法，企圖稱(chēng)霸東海，不想造成昏迷現(xiàn)出原形，被漁民捕獲。幸虧少年默娘心懷仁慈之心，纏著哥哥把睚眥贖下放生，睚眥得救后，不思報(bào)答，反而煞費(fèi)苦心迫害漁民以圖報(bào)復(fù)，他手下的海妖晏公百般擾民，林愿只好求知縣江施旗請(qǐng)玄通道長(zhǎng)降妖。不想玄通修行過(guò)淺，反被晏公逃脫，江施旗的兒子也被晏公報(bào)復(fù)，成為瘸子。

　　在一次與海妖周旋中，默娘救下了官船，為首的統(tǒng)帥為朝廷使臣吳宗倫。吳宗倫事后登門(mén)致謝，兩人相談甚歡，默娘經(jīng)吳宗倫點(diǎn)撥，知道了許多外面的大事。

　　睚眥的篡位欲望不斷升級(jí)，最后把親兄弟狴犴圍困在無(wú)名島上，殺掉并埋葬于亂石下。高手對(duì)決引起巨大海難，默娘參加許茂盛的婚禮喝醉了，雖然飛去海上出事現(xiàn)場(chǎng)，然而，功力不足，眼看楊生全葬身海底。她帶著楊生全的父母找回楊生全的尸體，幸運(yùn)的是，楊生全竟又奇跡般地活了過(guò)來(lái)。楊生全死里逃生，卻因受刺激而大腦失去了記憶。原來(lái)他是四王子狴犴所化。

　　吳宗倫的管家登門(mén)向默娘求婚，默娘得知吳宗倫辭官回鄉(xiāng)的音訊后，非?？畤@，幾經(jīng)與吳溝通后，默娘被吳宗倫的寬恕大度所感動(dòng)，她接受了吳宗倫的主張，嫁給他為妻。默娘與吳宗倫相約，婚而不嫁，兩人是同居不同房。

　　默娘為救下官船，在海灘上又遭受睚眥及其嘍啰的攻擊，終因寡不敵眾，默娘倒在沙灘上。待菩薩和大仙趕屆時(shí)，她已沒(méi)了呼吸……菩薩和大仙封住默娘的魂靈，然后由大仙去玉帝面前為她懇求海神封號(hào)，卻遭到四海龍王聯(lián)手對(duì)立。默娘的死訊傳來(lái)，驚擾了五湖四海信眾，紛繁出資為她建廟，香火直沖九霄，感動(dòng)玉皇大帝和王母娘娘，贊同加封默娘為海神，封號(hào)媽祖。

　　媽祖將睚眥侵等人的罪行向玉帝稟報(bào)，讓惡人受到了應(yīng)有的懲罰。在人證物證面前，睚眥一伙均無(wú)可抵賴(lài)，受到了天律的嚴(yán)懲。媽祖的水闕仙班得以順利組建，她繼續(xù)帶領(lǐng)部屬們，巡邏在遼闊的海面上。