2004年,臺(tái)當(dāng)局防務(wù)部門將臺(tái)灣陸軍飛指部與臺(tái)灣海軍海鋒大隊(duì)(岸置雄風(fēng)攻船飛彈)從原軍種抽出,成立直屬參謀本部“飛彈司令部”,同時(shí)負(fù)責(zé)防空、制海任務(wù)。但新制維持不滿兩年,2006年元旦起,海鋒大隊(duì)歸建臺(tái)灣海軍,防空飛彈則改隸臺(tái)灣空軍總部。
6年后,2012年2月,防空飛彈再由臺(tái)灣空軍改為臺(tái)軍參謀本部直屬的防空飛彈指揮部,這是第三度更換家長(zhǎng),這次再度改隸臺(tái)灣空軍,則是第四度。
官員表示,防空飛彈指揮部下轄鷹式、天弓、“愛國者”防空導(dǎo)彈,以及雄風(fēng)二E巡弋導(dǎo)彈,主要負(fù)責(zé)中長(zhǎng)程戰(zhàn)區(qū)防空;此外臺(tái)灣空軍原先就有“防空炮兵指揮部”,擁有天兵防空系統(tǒng)(陸射麻雀飛彈+35公厘快炮)、捷羚防空系統(tǒng)(陸射天劍一飛彈+20公厘機(jī)炮),擔(dān)任機(jī)場(chǎng)與雷達(dá)站等要點(diǎn)防空。明年臺(tái)灣空軍會(huì)將兩個(gè)指揮部合并為一,并且提升至“軍”級(jí)單位,主官變?yōu)橹袑ⅰ?/p>
官員表示,這位中將指揮官,初期可能先由飛行軍官擔(dān)任,未來將改以從防空飛彈(炮兵)部隊(duì)出身的將領(lǐng)擔(dān)任。這也將是防空飛彈部隊(duì)首度出現(xiàn)中將職缺,應(yīng)該有助于鼓勵(lì)優(yōu)秀干部留在軍中爭(zhēng)取晉升。