首任廉政署署長周志榮告訴臺灣媒體，廉政署是以反貪、防貪為主，肅貪為輔。過去，臺灣政風業(yè)務(wù)只負責行政查處，檢查官、法官負責追訴審判，欠缺將整個環(huán)節(jié)結(jié)合的一個平臺。廉政署成立就是建立這個平臺。

　　臺灣官僚體系貪污“黑數(shù)”（又稱犯罪暗數(shù)、刑事隱案，是指實際已經(jīng)發(fā)生但由于種種原因尚未納入警方記載的犯罪數(shù)量）存在多年，弊案頻傳，近期暴發(fā)的事件，包括關(guān)稅總局人員涉嫌集體貪污、警方涉入特種行業(yè)，以及前總統(tǒng)李登輝涉嫌貪污受到起訴。雖然臺灣輿論對隸屬于法務(wù)部的廉政署整頓公務(wù)員貪腐歪風的作用持保留態(tài)度，但臺灣終于有了與香港和新加坡類似的專責肅貪機構(gòu)，新機構(gòu)的表現(xiàn)深受各方關(guān)注。

　　設(shè)立廉政署是馬英九的競選支票，他強調(diào)臺灣貪污犯罪“黑數(shù)”很大，重要的是“抓得到，判得下” ，有效地掌握證據(jù)，起訴之后盡量做到百發(fā)百中，而不是拿起肅貪大刀隨意揮舞，但最后無法定罪，既打擊公務(wù)員士氣又無法達到效果。

　　他表示，萬一真的發(fā)生貪污事件，政府一定要做到主動發(fā)掘、明快處置、配合偵辦、對外說明，要讓外界感覺是一個不怕家丑外揚的政府。這樣的態(tài)度也有助廉政署的未來發(fā)展。

　　他指出，國際透明組織發(fā)布貪腐狀態(tài)的印象指數(shù)，排名前十名的國家，本身就是經(jīng)濟發(fā)達，競爭力強，因此清廉與國家競爭力有密切關(guān)系。

　　針對外界質(zhì)疑廉政署組職位階僅三級機關(guān)，未能充分發(fā)揮肅貪作用，他認為臺灣廉政署和香港、新加坡直接隸屬于總理或特首的組織不同，但以國際透明組織排名前十名的國家和地區(qū)來看，全世界的實務(wù)運作，主要是由執(zhí)法機關(guān)查辦貪污事件，新加坡和香港不是通例。

　　據(jù)國際透明組織去年的排名，新加坡居第二位，位于同樣獲得第一名的丹麥和紐西蘭之后，香港和臺灣則分居第13名和第33名。前十名的國家中，新加坡是唯一亞洲國家，多數(shù)是歐洲國家。

不直接隸屬總統(tǒng)府

　　臺灣廉政署不直接隸屬于最高領(lǐng)導(dǎo)人還有臺灣政治現(xiàn)實的考量。臺灣政治存在著藍綠嚴重對立情況，若廉政署隸屬總統(tǒng)府，將會被在野黨說成是執(zhí)政者的“東廠”、“禁衛(wèi)軍”。

　　原來也負責貪瀆防制、洗錢防制的調(diào)查局和新成立的廉政屬是否存在著疊床架屋，功能重疊的問題？馬英九和周志榮都作了回應(yīng)，認為職權(quán)上或許有重疊，但功能不盡相同，廉政屬主力防貪，彼此可以有良性的競合關(guān)系，達成分進合擊的效果。

　　周志榮指出，目前編制人員不到200人的廉政署是依據(jù)聯(lián)合國反貪腐公約而成立，其功能并不是外界所以為的肅貪為主，恰恰相反，而是以防貪、反貪為主，肅貪為輔。對于盲從、屈從和誤觸法網(wǎng)者，廉政署將給與自新并減輕刑罰的機會，而對于貪瀆高風險的業(yè)務(wù)，如何防貪，分析并提出具體的改善方案，以達到預(yù)防貪瀆犯罪發(fā)生的作用。

　　目前臺灣貪瀆定罪案為55%。國民黨立法院黨團首席副書記趙麗云認為廉政署首要任務(wù)就是要把貪瀆定罪率提高一成，讓民眾有感。

　　國民黨立法院黨團書記長謝國樑則認為，廉政署需要拿出政績，才能令民眾信服。他要求一個月內(nèi)挑“大咔”（高官）辦出成效。

　　民進黨立院黨團則檢舉10起與總統(tǒng)馬英九、臺北市長郝龍斌有關(guān)案件，要求廉政署查辦，以檢視廉政署的公正無私。

　　民進黨籍立委黃偉哲說，廉政署的主要骨干都是政風人員，政風人員是否發(fā)揮機關(guān)防腐劑的功能值得觀察，但過去特偵組或檢調(diào)機關(guān)常被批辦綠不辦藍、政治權(quán)斗，廉政署若步上特偵組等機關(guān)的后塵，讓人對澄清吏治、建立公正的司法形象打問號。